Аппараты для анализа биохимии Sage Science BluePippin

bluepippin — система препаративного электрофореза и пульс-электрофореза, позволяет разделять и выделять фрагменты нк, размером 90-50000 п.н., а так же белки массой 18-200 кда.

в системе используются готовые картриджи на пять изолированных капилляров, заполненных агарозным гелем разной процентной концентрации, которая выбирается пользователем в зависимости от величины фрагмента образца. в конце каждого капилляра имеется y-образное разветвление. оба выходящих капилляра имеют независимое подключение к катодам. движение фрагментов днк в капилляре как и в «классической» методике происходит под действием тока, но при приближении фрагментов днк требуемого размера к месту разветвления, происходит переключение катодов, и искомый фрагмент попадает в боковое ответвление капилляра и собирается в канале для сборки. для проведения электрофореза нуклеиновых кислот используется tris-taps (или трис-тапс) буфер, для белков — sds-буфер. программное обеспечение определяет время элюирования на основе миграции днк-маркера.

преимущества

• время подготовки — 3 минуты, время проведения самой процедуры — 50-100 мин в зависимости от размеров фрагментов;
• благодаря готовым гелевым чипам достигается максимальная воспроизводимость экстракции и, как следствие, более точный результат секвенирования;
• каналы, в которых идёт разгонка, полностью изолированы друг от друга, что снижает риск перекрёстной контаминации;
• отбор осуществляется, автоматически в соответствии с заданным через по диапазоном длин фрагментов, что может использоваться для секвенирования спаренных концов;
• отбор образцов из пробоотборной камеры производится вручную с помощью стандартного дозатора.

4 режима программирования

1. tight (узкий) – сбор коротких фрагментов образца, выбирается в основном для работы с молекулами небольших размеров;
2. range (диапазон) – пользователь может сам выбрать диапазон размера фракций который ему необходим. подход используется, когда не важна высокая точность исследования;
3. time (время) – коллекционирование образцов происходит в зависимости от заданного времени. подход используется, когда не важна высокая точность исследования;
4. peak (пик) – сбор пиков (нескольких фрагментов разного размера).

3 стратегии детектирования фракций

• для днк малых размеров (90 п.н. -1,5 тыс.п.н.):
  стратегия без окрашивания с внутренними флуоресцентно-мечеными маркерами. в качестве внутренних стандартов используются флуоресцентно-меченые маркеры днк, определенной молекулярной массы. добавляются в лунку совместно с исследуемым образцом. одновременно возможен анализ 5 образцов.
• для днк больших размеров (> 2 тыс. п.н.):
  стратегия без окрашивания с внешним флуоресцентно-меченым маркером. в качестве внешнего стандарта используется флуоресцентно-меченый маркер днк определённой молекулярной массы, добавляется в отдельную лунку. одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.
• для выделения днк с дорожки (band capture) (> 2 тыс. п.н.):
  окрашивание образцов флуоресцентным красителем midori green. образцы окрашиваются флуоресцентным красителем midori green. одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.